ブラッドレー・ボンドとフィリップ・N・モーゼズによる小説「ニンジャスレイヤー」のコミカライズが決定した。2組の作家による2種類のコミカライズ連載が展開される。

コミカライズを手がけるのは「ウルフガイ」などで知られる田畑由秋・余湖裕輝コンビと、BL作品などで人気を集めるさおとめあげは。田畑・余湖版はコンプティークと月刊コンプエース（ともに角川書店）にて、同じ内容のものが連載される。さおとめ版はB's-LOG COMIC（エンターブレイン）に掲載。コンプティークでは7月10日発売の8月号から、月刊コンプエースでは7月26日発売の9月号から、B's-LOG COMICでは8月1日発売の9月号からスタートする。

なお、わらいなくが挿絵を手がける原作小説は、第2部キョート編を描く「ニンジャスレイヤー ザイバツ強襲！」が6月29日に発売されたばかり。通常版のほか、ドラマCDが付く特装版もリリースされている。ドラマCDのキャストは記事末のリストを参照してほしい。

特装版用ドラマCD「ニンジャスレイヤー」キャスト

ニンジャスレイヤー：森川智之
ラオモト：津嘉山正種
ダークニンジャ：速水奨
スーサイド：日野聡
ヤモト：雨宮天
ソニックブーム：黒田崇矢
アサリ：金元寿子
ドラゴンゲンドーソー：秋元羊介
ユカノ：種田梨沙
ナラク：麦人
シ・ニンジャ：田中敦子
クローンヤクザ：玄田哲章
ナレーション：ゴブリン