偉大なるクラシック楽譜の力を宿した少女達は“ムジカート”と呼ばれる。
そんな“ムジカート”を産み出し、世界の調和をとり戻すための秘密を内包する場所“ベルリン・シンフォニカ”。
しかし今、敵の襲撃は激烈を極め、人類は黙示録の終末へと転落しようとしていた。
光の見えないシンフォニカで指揮者・朝雛タクトは、運命との再会を待つかのように、ただ眠り続ける。
そして、その日彼は彼女に出会う。

音楽は人の心を照らす光──
突如として、その「光」が世界から奪われる。
空から黒い隕石「黒夜隕鉄」が降った夜、世界は様変わりした。
黒い隕石から生み出された異形の怪物「D2」が、大地と人々を蹂躙し始める。
D2は人の奏でる旋律に惹かれ、やがて「音楽」そのものが禁忌とされた。

だが、その怪物に抗う者達が現れる。

音楽を力とする少女達──「ムジカート」。
彼女達は、人類史に残る偉大な歌劇、楽曲の楽譜（スコア）を身に宿し、D2を撃ち破る力とした。

そして、彼女達を指揮し、導く「コンダクター」。

2047年。D2との抗争によって荒廃したアメリカ。
コンダクターの「タクト」は、ムジカート「運命」と共にニューヨークを目指して旅していた。
音楽が失われた世界で、音楽を渇望する「タクト」、
D2の殲滅を望むムジカート「運命」。

2人の少年と少女が生み出す旋律は、歓喜かそれとも絶望か──