そんな「鉄腕アトム」の天馬博士とお茶の水博士が、実は学生時代からの親友だった……という設定で描かれるのが「アトム ザ・ビギニング」。国立練馬大学ロボット工学科修士の研究生である2人の天才は、周囲には変人扱いされながらもロボット開発に没頭している。「アトム ザ・ビギニング」は、「アトム開発までの前日譚」でありながら、「ちょっと変わった2人の天才のキャンパスライフ」を描いた青春作品でもあるのだ。

天馬午太郎（てんま・うまたろう）＝通称・ウマタロウは自分の発想と技術には絶対的な自信を持つ天才肌、その態度は時に傲慢にも見えるほど。この自信満々のイケメンが、将来バレバレの変装をしてアトムを助けると思うと微笑ましい。

対するお茶の水博志（おちゃのみず・ひろし）＝通称ヒロシは優しく親しみやすい性格で、マイペースで時に暴走しがちなウマタロウをいつもフォローする役目。

彼らはなぜかウマが合い、共同で研究を行っている。2人での研究などが上手くいくと、お互いの鼻をつまみ合って心を通わせているシーンが何度も見られるが、これはカサハラテツローによると「こうやって2人は鼻を引っ張り合っているから、将来でかくなってしまう」とのこと（参照：カサハラテツローインタビュー）。こういった小ネタも多く登場するので、「鉄腕アトム」を知っている人は2作品の関連性を考えながら見てみるのもいいだろう。

基本的にはお互いの才能を認め合い、ロボット作りという共通の目的を持つウマタロウとヒロシ。しかしロボットに対する考え方は異なる。それが顕著に出るのが、2人の共同作であるA106（エーテンシックス）を、ロボット同士を戦わせるロボット・レスリングの大会に出場させたエピソードだ。ウマタロウはA106に「相手を派手にぶっ壊せ」と命じるが、A106を「心やさしき科学の子」（このフレーズは言わずもがな、アニメ「鉄腕アトム」主題歌が元ネタ）と呼ぶヒロシは、相手ロボットのメインスイッチやバッテリーだけを狙う戦法でA106を勝利に導く。

その後も「ロボットは人間の友達」とするヒロシと「ロボットは人間を超越した存在＝神」とするウマタロウは衝突。些細なことでケンカしつつも結局は仲がいい2人だが、この部分においてはお互いに譲れない様子。

この文章のタイトルには「アトムの本当のお父さんは誰？」と書いたが、生みの親・天馬と育ての親・お茶の水、もちろん2人いてこそのアトムだ。2人が「アトム ザ・ビギニング」時代から「鉄腕アトム」時代にいたるまで「ロボットに心は必要か？」「人はロボットに何を求めるのか？」と考えを出しあったからこそ、アトム誕生につながったと言える。そして、「鉄腕アトム」の頃には距離ができてしまう2人の“アトムの父”が、正面から意見をぶつけていた時代を描くのが「アトム ザ・ビギニング」なのである。